De stad werd door Herodes de Grote (37-4BC) gesticht op de plaats van een oude versterkte stad, bekend als Strato's toren. Keizer Augustus gaf het aan Herodes en hij in ruil daarvoor wijdde de naam van de stad aan Caesar. Nadat de Romeinen in 6 CE directe controle over Palestina genomen hadden, werd Caesarea de hoofdstad.
De officiële vertegenwoordiger van Rome had vanaf deze tijd zijn woonplaats daar, maar de eerste van wie we zeker zijn, is Pontius Pilatus (26-36CE); een inscriptie die zijn naam draagt werd in de ruïnes van het theater gevonden. Cornelius, een centurion van het Romeinse garnizoen, was de eerste niet-jood die in Caesarea door Petrus bekeerd werd tot het Christendom (Handelingen 10). Paulus werd twee jaar gevangengenomen (58-60CE) in Herodes' preatorium, tot hij een besluit dwong om te eisen door de keizer beeoordeeld te worden (Handelingen 23:6). Caesarea werd één van de vooraanstaande maritieme steden.
In 66CE braken er rellen uit tussen Caesarea's Joodse en Syrische gemeenschappen. De ontheiliging van de synagoge was één van de medebepalende oorzaken van de Eerste Joodse Opstand (66-70CE). Vespasian (Titus Flavius) richtte zijn hoofdkwartier in de stad op, en inspekteerde zijn akties hier vandaan.
Caesarea ontving de status van een Romeinse kolonie, niettemin met beperkte rechten. In de derde eeuw vestigde de geleerde Origenes de beroemde school van Caesarea (231-250), die Pamphilus voortzette (309). Zijn leerling Eusebius (260-340), die in 314 Bischop van Caesarea werd, is zowel de eerste kerkhistoricus als de eerste bijbelse geograaf. Hij schreef de Omnimasticon, een geografisch bijbelwoordenboek binnen bepaalde verklaarde beperkingen.
Met de Arabische verovering in 640 daalde de stad in belang en raakte de schitterende haven van Herodes in verval. In 1101 viel het toe aan de kruisvaarders en in Juli 1187 aan Saladin. Hij vernietigde de vestingwerken in 1191, zoals Al-Muazzam in 1219. De herversterking die in 1228 door Louis IX van Frankrijk was begonnen, werd tussen Maart 1251 en Mei 1252 voltooid. Caesarea werd uiteindelijk in 1291 door Sultan Baibars veroverd en vernietigd door de Mameluks.
In 1878 installeerden de Turken Moslimvluchtelingen uit Bosnia op de plaats en zij richtten een vissersdorp op.
Het gebied werd met behulp van de Rothschilds ontwikkeld en is een toevluchtsoord geworden.
